Segundo ele, a medida foi adotada pela proximidade geográfica de alguns portos com a Turquia.
"Os voos regulares estão sujeitos a controles adicionais por razões de segurança", disse ele.
Ao falar da situação da contratação de cidadãos turcos na Rússia após as medidas tomadas pelas autoridades, Shuvalov disse que aqueles que foram contratados até 31 de Dezembro não serão afetados pelas restrições.
No dia 24 de novembro o caça russo Su-24 foi abatido em território sírio por um míssil turco, ataque que provocou a atual tensão entre Moscou e Ancara.
A Turquia alega que o avião russo entrou no espaço aéreo turco, enquanto a Rússia argumenta que o caça não atravessou a fronteira.
No sábado, Putin decretou impor restrições econômicas contra a Turquia, em particular nas áreas de comércio, viagens e emprego.