Face à forte reação das populações indígenas e de diversos movimentos sociais, o ministro da Casa Civil, Eliseu Padilha, e o ministro da Secretaria de Governo, Geddel Lima, anunciaram que o governo está negociando outro tipo de perfil para ocupar a entidade. Em troca do apoio do Partido Social Cristão (PSC) no Congresso, o governo permitiu ao partido indicar um nome para a presidência do órgão, e a legenda sugeriu o de Peternelli Júnior. O ministro da Justiça, Alexandre de Moraes, disse que há vários nomes indicados pelas lideranças indígenas, mas o governo ainda não se decidiu por nenhum até agora, porque quer nomear alguém que tenha "amplo diálogo" com todas as comunidades do país. O cacique Aruã Pataxó, que esteve presente em uma das reuniões no Palácio do Planalto, disse que os índios "têm competência e compromisso" para administrar a Funai.
A reação à indicação ao nome de Peternelli Júnior aumentou muito quando, em 31 de março, data do Golpe de 64, o general da reserva postou em seu Facebook a seguinte mensagem: "Salve 31 de março! 52 anos que o Brasil foi livre do maldito comunismo!!! Viva os nossos bravos militares! O Brasil nunca vai ser comunista."
O secretário executivo do Conselho Indigenista Missionário (Cimi), Cléber Buzatto, concorda que a reação foi muito grande e imediata em função da gravidade da indicação do general e o que ela representaria caso ele viesse a ocupar a presidência da Funai.
"Seria um sinal inequívoco de retrocesso na relação entre o Estado brasileiro com os povos originários, retroagindo à perspectiva adotada durante o período militar, que foi integracionista e que resultou, conforme dados da própria Comissão Nacional da Verdade, em mais de 8 mil indígenas mortos durante o período da ditadura militar. O recuo foi em função dessa pressão muito grande dos próprios povos, da sociedade civil diante desse quadro que se estava configurando por parte do governo interino do Temer."
Buzatto diz que os povos indígenas estão num processo de luta permanente, e há um contexto de extrema violência contra os povos em todas as regiões do país e no âmbito dos três poderes. Segundo ele, o agronegócio ataca de todas as formas, atuando para desconstruir direitos consagrados na Constituição brasileira e para tanto faz de diversos instrumentos desde os legislativos, como a Proposta de Emenda Constitucional (PEC) nº 215 e o projeto de lei 1.610, que tratam de inviabilizar projetos de demarcação das terras indígenas e também para facilitar a invasão e a retirada das populações das terras que foram demarcadas.
"Os povos estão numa luta, primeiro para que não haja retrocessos jurídicos e políticos em relação aos seus direitos, e ao mesmo tempo para que o Estado reconheça o direito desses povos, muitos deles ainda exilados, expulsos de suas terras e que estão tentando retornar", diz o secretário executivo do Cimi.
Buzatto cita como exemplo emblemático o do povo guarani-caioá, no Mato Grosso do Sul, que vive uma situação de desespero.
"Ontem mesmo (quarta-feira, 6) houve mais um despejo por parte da Polícia Federal contra uma comunidade, num dia de frio, de chuva, com a comunidade sendo jogada novamente à beira de estrada sem qualquer assistência por parte do Estado. Os povos pataxó e tupinambá, do Sul da Bahia, enfrentam situações de violência e ataques permanente em luta da efetivação do direito de retomar sua terras tradicionais que até agora o Estado não reconheceu."
Quanto à possibilidade de a Funai poder ser dirigida por um membro da comunidade indígena, Buzatto diz que esse é um debate bastante antigo, mas o mais importante é que seja qual for o dirigente ele seja uma pessoa comprometida com a causa indígena e que trabalhe para efetivar os direitos.
"No caso do Peternelli, além da questão da vinculação com a questão militar, há todo o envolvimento dele com a bancada do fundamentalismo religioso que, por sua vez, tem adotado uma postura de estreita conexão com a bancada ruralista que atua no Congresso Nacional de uma forma muita incisiva, muito violenta. Há preocupação grande que o governo Temer, caso se efetive o impeachment de Dilma, atue com uma pauta extremamente agressiva em relação aos direitos dos povos."