Dunford fez o anúncio ao encontrar o Comitê de Serviços Armados do Senado junto com o secretário de Defesa dos EUA, Jim Mattis, na terça-feira.
"Eu acho claro que a ISI tem conexões com grupos terroristas", disse Dunford ao comitê.
Mattis fez eco à posição de Dunford sobre a ISI, afirmando que a agência está perseguindo sua própria agenda, enquanto o próprio Paquistão luta para combater o terrorismo.
"Eles perderam provavelmente mais tropas do que qualquer outro país na luta contra o terrorismo — ao mesmo tempo que vimos refúgios para os próprios dispositivos terroristas. Nós vimos o governo do Paquistão perseguir terroristas, quando a ISI parece executar sua própria política", disse Mattis.
No entanto, Mattis observou que a administração de Trump tentará trabalhar com o Paquistão no Afeganistão "mais uma vez", antes de explorar opções para conter o suposto apoio ao terrorismo de certos elementos do governo paquistanês.
"Precisamos tentar mais uma vez para que esta estratégia funcione com eles, para e através dos paquistaneses, e se nossos melhores esforços falharem, o presidente está preparado para tomar as medidas necessárias", disse Mattis ao Comitê de Serviços Armados da Casa mais tarde Terça.
"Eu vou voar e continuaremos a tentar trabalhar com eles", acrescentou o secretário.
As acusações contra o Paquistão de fornecer apoio aos terroristas foram expressas pelo presidente norte-americano Donald Trump no final de agosto.
"O Paquistão, muitas vezes, oferece refúgios seguros aos agentes do caos, da violência e do terror. Não podemos mais ficar em silêncio sobre os refúgios do Paquistão para as organizações terroristas, os talibãs e outros grupos que representam uma ameaça para a região e além", disse Trump, acrescentando que o país tinha" muito a perder, continuando a abrigar terroristas".
O secretário de Estado dos EUA, Rex Tillerson, juntou-se a Trump, ameaçando cortar a ajuda dos EUA ao país, a menos que Islamabad interrompe seu suposto apoio aos terroristas.
"A quantidade de auxílio e assistência militar que nós lhes damos, seu status de parceiro da aliança não-OTAN — tudo isso pode ser colocado na mesa", disse Tillerson.
Islamabad reagiu com raiva às acusações, chamando-os de "falsa narrativa" e afirmando que os EUA não deveriam fazer do Paquistão um "bode expiatório por suas falhas no Afeganistão". O "compromisso do Paquistão com a guerra contra o terrorismo é incomparável e inabalável", disse o ministro das Relações Exteriores, Khawaja Asif em agosto.