Durante cem anos, o povoado construiu e expandiu suas redes de canais, diques, barragens, poços e outras estruturas importantes para a administração da água. Porém, no século XV, misteriosamente muitos plebeus e o rei de Angkor abandonaram a cidade.
Outra hipótese sugere que o desaparecimento esteja ligado a inesperadas inundações, seguidas por décadas de chuvas escassas, que acabaram desencadeando uma série de falhas no maior sistema aquífero do mundo pré-industrial, de acordo com a revista Science Advances.
O coautor da pesquisa e geofísico da Universidade de Sidney (Austrália), Dan Penny, desenvolveu junto com outros cientistas um modelo computadorizado de como a mudança rápida nos períodos de chuvas poderia ter afetado o sistema de distribuição de água da cidade.
Por causa disso, a água foi desviada de forma desigual pelas intersecções da rede, reabastecendo apenas alguns canais. A distribuição irregular foi ainda mais afetada devido aos sedimentos que foram se acumulando nos canais.
Como resultado destes diversos fenômenos, ocorreu uma falha total da rede de água, contribuindo para o desaparecimento de Angkor, de acordo com pesquisadores.