Netanyahu esteve em Paris para uma homenagem aos 13 mil judeus deportados pelo regime francês de Vichy para os campos de concentração nazistas.
Israelenses e palestinos devem ser capazes de "viver lado a lado dentro de fronteiras seguras e reconhecidas, com Jerusalém como a capital", disse Macron após seu primeiro encontro como chefe de Estado com Netanyahu.
"Espero que tudo seja feito para que as negociações avancem", disse o mandatário francês. As discussões diplomáticas entre Israel e Palestina estão paralisadas desde o fracasso da mediação dos Estados Unidos, em 2014.
Macron, eleito em maio, parece estar seguindo as diretrizes de seu antecessor, François Hollande, cujos esforços para mobilizar a comunidade internacional sobre o processo de paz irritaram Israel.
"A França sempre condenou a continuação da construção de assentamentos, que são ilegais de acordo com o direito internacional e atingiu um nível sem precedentes desde o início do ano", disse Macron em seu primeiro comentário público sobre o assunto desde a posse.
As Nações Unidas informaram em junho que Israel anunciou um aumento substancial nos assentamentos nos últimos três meses, apesar de uma resolução da ONU exigir a suspensão da iniciativa.
Macron dirigiu-se a Netanyahu pelo seu apelido, "Bibi", e chamou o antissionismo uma nova forma de antissemitismo.