Salles é acusado pelo Ministério Público de fraudar processo do Plano de Manejo da Área de Proteção Ambiental da Várzea do Rio Tietê, em 2016, quando era secretário estadual do Meio Ambiente.
"Além da violação de normas legais e regulamentares com a plena consciência deque tolhia a participação de outros setores que compunham o sistema ambiental e de que atendia a interesses econômicos de um grupo restrito em detrimento da defesa do meio ambiente escopo de sua pasta no Poder Executivo, o então secretário violou os princípios constitucionais administrativos da legalidade, impessoalidade, moralidade e publicidade", diz o texto.
Além da suspensão dos direitos políticos, Salles também foi condenado a pagar de uma multa civil no valor equivalente a dez vezes o salário mensal que recebia no cargo de secretário, a proibição de contratar com o Poder Público ou receber benefícios ou incentivos fiscais ou creditícios, direta ou indiretamente, ainda que por intermédio de pessoa jurídica da qual seja sócio majoritário, pelo prazo de três anos.