A investigação visava apurar a retirada dos corpos da mata, realizada por pessoas da comunidade após a saída dos policiais militares e civis ao fim do dia da operação. Na manhã seguinte, dezenas de corpos despidos foram enfileirados em uma praça da comunidade, em imagem que rodou o mundo.
À época, o chefe da Polícia Civil do Rio de Janeiro, Felipe Curi, falou sobre "fraude processual" durante conversa com a imprensa. Na visão de Curi, os corpos foram manipulados, uma vez que os suspeitos assassinados na mata estavam, supostamente, trajados com roupas camufladas e outros aparatos de guerra.
Além da suspensão da ação contra familiares, Moraes determinou ao governo do Rio de Janeiro a preservação das imagens das câmeras corporais usadas por policiais da operação, assim como a relação dos militares que utilizaram o equipamento ao longo da ação.
O ministro também fez pedidos ao Ministério Publico do Rio de Janeiro (MPRJ) e à Defensoria Pública do Rio de Janeiro (DPRJ).
"Em relação ao Ministério Público fluminense (MP-RJ), o ministro determinou o envio de relatórios e cópias dos laudos realizados por sua perícia técnica independente, bem como de cópia do procedimento investigatório instaurado após a realização da operação. Já a Defensoria Pública estadual deve informar se está sendo garantido o acesso às provas e a todos os procedimentos necessários para o acompanhamento e a assistência às famílias dos mortos."