O líder turco estava falando um dia depois de Washington ter alertado Ancara sobre "graves consequências" caso o acordo fosse adiante.
"Está muito claro por que a Turquia comprou esse sistema de defesa aérea, sob quais condições ele os comprou e como será usado", afirmou Erdogan na cidade de Diyarbakir, no sudeste do país.
"Todo mundo sabe que esta questão não tem nada a ver com a OTAN, o projeto do F-35 e a segurança dos EUA", acrescentou durante o discurso televisionado.
A "questão não era sobre os S-400", mas sobre a Turquia "tomando medidas por conta própria", especialmente na Síria, completou Erdogan.
O esforço de Ancara para comprar os sistemas de Moscou causou tensões com seu aliado da OTAN, já que Washington levantou questões sobre a compatibilidade do equipamento com os sistemas de armas estabelecidos pela aliança.
Os EUA acreditam que a venda da S-400 é parte dos esforços russos para romper a aliança em meio à preocupação ocidental com o crescente relacionamento de Erdogan com o presidente russo, Vladimir Putin.
O porta-voz do Departamento de Defesa dos Estados Unidos, Charlie Summers, disse na sexta-feira que haveria "graves consequências" para a Turquia se ela fosse adiante com o acordo.
Washigton reteria jatos de caça F-35 ou mísseis Patriot dos EUA aprovados para venda em Ancara em dezembro por US$ 3,5 bilhões, alertou ele.
Mas Erdogan insistiu que a Turquia não cancelará seus planos de comprar os mísseis.
Erdogan e Putin têm trabalhado de perto para garantir uma solução política para a guerra da Síria durante o processo de Astana com o Irã.
Os laços entre Washington e Ancara, entretanto, foram tensos em várias questões, incluindo o fracasso dos EUA em extraditar o pregador muçulmano Fethullah Gülen, da Pensilvânia.
A Turquia acusa Gülen de ordenar o golpe fracassado de 2016, o que ele nega.
As relações também têm sido tensas em relação ao apoio dos EUA a uma milícia curda na Síria, que Ancara considera um "desdobramento terrorista" de insurgentes curdos dentro da Turquia.
Washington entregou o primeiro F-35 à Turquia em junho do ano passado, mas outros aviões permanecem nos EUA enquanto seus pilotos turcos passam por treinamento, um processo que, segundo o Pentágono, pode levar dois anos.